王士元被送到镇江后，军情司立即寻找当年从北京皇宫南下的太监和宫人，以及曾见过崇祯诸子的官员。
经这些人辨认和询问，虽然不敢确认这个王士元就是崇祯五子永王朱慈焕，但却都肯定王士元是从宫里出来的，不然他不会对宫里情形记得那么清楚，甚至连两个哥哥的小名都知道。
王士元是不是朱慈焕，事关重大，周士相不敢大意，虽然定武帝在文村时曾提起孝烈皇帝有子许流落江浙，但这不代表这个王士元就一定是朱慈焕。因此他需要一个肯定答案，而不是“可能”或“也许”。
周士相如此重视这件事，不仅仅是要弄清这个“朱三太子”到底是真是假，更重要的是要弄清这个“朱三太子”是自己主动出来，还是背后有人让他出来。两者的结果是一样，但性质却绝不相同，也关系到周士相如何对待这个“朱三太子”。
周士相担心王士元的背后或许有什么人在暗中操作，借着这位可能是真孝皇之子的“朱三太子”兴风作浪。他的怀疑不无道理，因为南渡以后，朱明宗室谱系就大乱，很多骗子和有心人纷纷出场，早在弘光年间，就有“大悲案”和“真假太子案”闹得沸沸扬扬，这背后不乏江南士绅的代言人东林党人在掀风作浪。
“大悲案”倒罢了，最后证实的确是一个骗子自称是明朝亲王，从兵乱中逃出做了和尚。此人先称自己是崇祯帝封的齐王，后来又改称是吴王，又说什么“潞王恩施百姓，人人服之，该他做大位”，语无伦次，形迹可疑，一看就是个骗子。所以九卿科道会审之后，将这骗子给处斩了。
“大悲案”最大的影响可能就是让潞王的名声变得更好，除此以外倒是没有什么。不过“假太子案”造成的影响却很大，不仅真正动摇了弘光政权，时至今日，也有很多人认为当年被弘光处死的那个少年就是孝皇太子。
那个假太子是当时崇祯朝的鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下时，于途中遇到并结伴而行的。晚上就寝时穆虎发现少年内衣织有龙纹，惊问其身分，少年自称是皇太子。
穆虎大吃一惊，便将此事告于主人高梦箕。高梦箕难辨真假，便将这少年送往苏州、杭州一带隐蔽。可是，这少年经常招摇于众，露出贵倨的样子，引起人们的注意，背后窃窃私议。高梦箕害怕这少年会牵连自己，不得已密奏朝廷。弘光帝得知之后，急忙派遣内官持御札宣召，命锦衣卫将这少年带回看管。
随后，弘光面谕群臣道：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。”随令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往审视。大学士王铎曾经担任东宫教官三年，自然熟悉太子的模样，结果一眼就看出是奸人假冒。
当时的南京城见过太子朱慈烺的并不止王铎一个，曾任东宫讲官的刘正宗、李景廉等人皆言太子眉长于目，所以见了伪太子后都不认识。弘光帝还不放心，特意又让旧东宫伴读太监丘执中往认。那伪太子见了丘执中，却不识也，弘光这才相信这少年乃是假冒。
然而，即便是知道那少年不是真太子，可一直对弘光继位不满的东林党人却乘机兴风作浪，散布流言蜚语，在不明真相的百姓和外地文官武将中掀起了一片喧哗。弘光朝廷越说是假，远近越疑其真。这事一直闹到清军占领南京，弘光朝廷覆亡，方告平息。
此案的最大影响就是严重削弱了弘光帝的合法性，使得文武百姓对弘光离心，加上东林党人散布的大量有关弘光“昏庸”的流言，间接使得弘光政权迅速垮台。有这前车之鉴在，周士相自然不能重蹈其覆。
东林党现在虽然倒台，大多数党人都在清廷当了官，但他们的根基江南士绅阶层却在，而且正被周士相严厉打击，故而突然间就有个自称孝皇之子的王士元站出来，周士相不怀疑才有鬼了。
最终，周士相写了一封密信给南都的兵部尚书张煌言，请他至镇江辨认王士元身份真假。
张煌言知道此事后，心中也是震惊，连忙秘密赶到镇江。在与王士元密谈了足足半个时辰后，张煌言出来很肯定的告诉周士相，此人就是先帝五子朱慈焕。
有当年北京宫中老人辨认问询，也有曾见过崇祯诸子官员的认可，再有张煌言的确认，王士元的身份在没有周士相前世DNA技术的帮助下，在这个时代已经确凿。
周士相相信张煌言不会认错，看走眼，因此他也相信了王士元就是朱慈焕。但他没有就此上报定武帝，也请张煌言能够不要将事情泄露出去。一方面，他还要继续观察王士元一段日子，确保万无一失。另一方面，他也想看看这个王士元的背后，到底有没有不可告人的一面。
张煌言犹豫之后，答应了周士相的请求。苍水公也不想因为永王的出现，让朝堂掀起一场轩然大波。
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王士元在镇江虽然被严密监视，过着“软禁”的日子，但各项供应都很丰盛，吃的用的俨然都是照亲王待遇提供。只是几个月来，除了一开始不断有人过来和他见面，之后便再也没人来看过他。至于那位外界流传的屠鞑如屠猪般的齐王殿下，更是自始至终都没有露过面。
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